FAMU vzniká v rámci AMU v Praze (filmový odbor) v letech 1946/47 jako pátá filmová škola na světě - po Moskvě, Berlíně, Římu a Paříži. První uchazeči zde mohli studovat režii, dramaturgii a filmový obraz. Škola v té době sídlila ve druhém patře domu v Havlíčkově ulici (č. 13, dnes 11/1043) až do r. 1948, kdy získala první prostory v tzv. Vančurově domě v Klimentské ulici č. 4. Probíhala zde teoretická a od r. 1950 i praktická výuka až do r. 1960.

Dům zpočátku sdílela s Filmovým ústavem, který byl ale brzy zrušen a řada jeho zaměstnanců se stala pedagogy FAMU. „Mládež se tenkrát hrnula.“, vzpomíná jeden z prvních pedagogů a klasik české filmové režie Václav Wassermann. „Hned napoprvé bylo přihlášek na čtyřmístnou cifru…první přijímací pohovory vedli.. zakladatelé, jako Karel Plicka, A.M. Brousil, Julius Kalaš, Jaroslav Bouček…Vzpomínám si na začátky, kdy tu nebylo téměř nic. Kdy nebylo pomůcek, zařízení, technických a finančních prostředků - ale už tu vznikal filmařský chytron; to je z mála udělat hodně, z malých prostředků velký úspěch“.[1]

V té době FAMU překonává odpor barrandovských praktiků vůči akademicky vychovávaným filmařům, odráží pokus o zrušení školy, prožívá pokusy o vyloučení studentů i pedagogů prostřednictvím Akčního výboru AMU po komunistickém puči a systematickou výuku začíná zakládat na zkušenostech moskevského VGIKu.

V r. 1950 se z dosavadních oborů stávají katedry, k nimž o rok později přibyla katedra produkce, na dramaturgii vzniká specializace na filmovou vědu. Roku 1953 se FAMU stává jedním ze zakládajících členů CILECT a o rok dříve získává bývalé židovské kino Roxy v Dlouhé ulici č. 33, kde vybuduje další filmové studio (funguje od r. 1955). Vedoucí katedry režie Václav Krška zřizuje při katedře i specializaci na dokumentární a vědecko-populární film a kabinet střihové skladby, vedený od počátku Janem Kučerou. Pravděpodobně ve druhé polovině 50. let vzniká katedra filmové a televizní techniky s kabinetem hudby a zvuku. Katedra kamery je přejmenována na katedru filmové fotografie a televisního obrazu (a studio Roxy je r. 1964 vybaveno TV technologií, vyrobenou studenty a profesory SPŠST v Panské ulici). Od poloviny 50. let zasvěcoval Karel Höger se svým asistentem Radovanem Lukavským studenty FAMU do principů práce herce a s hercem a tehdy také poprvé došlo ke spolupráci studentů FAMU a DAMU.

Rektor AMU A. M. Brousil od počátku 50. let pořádá pro studenty FAMU projekce a rozbory nových zahraničních filmů a zve na školu významné hosty, jako např. Vsevoloda Pudovkina, Cesare Zavattiniho, Giuseppe De Santise, Jorise Ivense, Bélu Balásze, Simone Signoretovou, Yvese Montanda, Gérada Philippa aj.

V letech 1957/58 přichází na katedru režie Otakar Vávra s novou koncepcí přednášek a přijímacího řízení. Osobně si vybírá uchazeče, z nichž vychovává jádro nové vlny (Věra Chytilová, Evald Schorm, Jiří Menzel, Jan Schmidt). Jeho zásadou bylo, že režisér musí „znát všechny druhy umění, s nimiž spolupracuje, práci s hercem a… také filosofii a estetiku. Teprve v druhé řadě musí ovládat technologii filmu. Na škole má všechny vědní obory poznávat aplikovaně pro filmovou práci. Veškerá teorie má být v rovnováze s praxí, protože režisér je autor a realizátor“.[2]

Do jisté míry přelomová byla léta 1960/61, kdy se katedry, děkanát i rektorát AMU stěhují do budovy paláce hrabat Lažanských (Smetanovo nábřeží 2), kde pro studenty vzniká i fakultní knihovna. (V Klimentské zůstává nově samostatně zřízené Studio FAMU i bývalá knihovna Filmového ústavu.) Je zde umístěn i děkanát a rektorát AMU. Dochází k postupné reorganizaci kateder i výuky, která stále více akcentuje i možnosti uplatnění absolventů v televizi. Většina kateder v polovině 60. let získává přívlastek „filmová a televizní“, jakož ostatně i celá fakulta.

Roku 1961 byla zřízena samostatná katedra publicistiky, později přejmenovaná na katedru dokumentární tvorby; roku 1963 byl ustanoven obor filmové a televizní střihové skladby, jehož výuku stále zajišťoval kabinet střihové skladby při katedře filmové a televizní režie. Osamostatnil se obor filmové a televizní vědy, zajišťovaný kabinetem filmové a TV vědy při katedře filmové a TV dramaturgie (od 1965 pak měl samostatnou katedru). Od roku 1966 usiluje Ján Šmok o osamostatnění oboru umělecké fotografie, nejprve v kabinetu při katedře filmového a TV obrazu.

Jiří Podroužek zařizuje ve Studiu FAMU v letech 1966-68 zvukové míchačky pro 16mm formát, roku 1969 pak míchačky pro 35mm formát. Tím se škola – až na laboratoře (které fungovaly jen do roku 1957 v prostorech kina Roxy) – stává nezávislou v technologii výroby školních filmových cvičení, z nichž celá řada začíná už od konce 50. let získávat i mezinárodní ocenění. Roku 1968 bylo studio v Klimentské vybaveno TV technologií superortikonových snímačů a ve výtahové šachtě vznikl televizní vysílač, v omezeném rozsahu vysílající i během sovětské okupace v srpnu téhož roku.

V průběhu 60. let školu absolvovaly dvě až tři generace tvůrců, díky nimž se stala světově proslulou. Na dalších třicet let se FAMU stává téměř jediným zdrojem profesionálů v oblasti české a slovenské filmové (a často i televizní) tvorby.

V polovině šedesátých let se začínají výrazně prosazovat i absolventi fotografie. Roku 1969 se dokonce koná první veřejná výstava prací absolventů specializace fotografie. Katedra umělecké fotografie, již vedl Ján Šmok a kde působili především Jaroslav Rajzík a Pavel Štecha však vznikla až r. 1975; do té doby se tento obor pěstoval na katedře kamery.

Mnozí z absolventů začali po krachu pražského jara narážet na omezení a represe husákovské normalizace. V roce 1972 musela odejít řada dosavadních pedagogů (Evald Schorm, Břetislav Pojar, František Filip, František Daniel, Milan Kundera, Karel Kachyňa, Vlastimil Vávra) i někteří studenti (Vlastimil Venclík) a moci se ujímají pedagogové oddaní konzervativnímu komunistickému režimu (Jiří Sequens, Václav Vorlíček, Jaroslav Balík, Jaroslav Hužera, Libuše Pospíšilová, Vojtěch Trapl, Ludvík Toman, Bedřich Pilný, Přemek Podlaha, Petr Krull); vyučoval zde i normalizační ústřední ředitel Československého filmu Jiří Purš. Často se uplatňuje cenzura a autocenzura, politické zakázky. Formou kurzů probíhá dokonce výuka policejních kameramanů. I přesto se v tomto období absolventi FAMU až na výjimky prakticky nemohou dostat k samostatné práci ve studiích státního filmu, zablokovaných komunistickými kádry.

V druhé polovině sedmdesátých let se FAMU stává opět ostrůvkem relativně větší svobody myšlení a tvorby. Tehdejší děkan Ilja Bojanovský otevřel prostor pro účast studentů a jejich filmů na mezinárodních setkáních a festivalech, podpořil aktivitu politicky angažovaných studentů (Jiří Adamec, Fero Fenič) při zakládání Mezinárodní přehlídky studentských filmů (RIFE CILECT) v Karlových Varech, která navázala na obdobné snahy z druhé poloviny šedesátých let a konala se bienálně od roku 1977 až do 1991. FAMU si tím opět začíná získávat dobré jméno v mezinárodní konkurenci. Bojanovský pak ve funkci rektora podpořil i vydávání studentského časopisu FAMU - Bulletin (1980-1982) a AMU, AVU a VŠUP - Kavárna a.f.f.a (1987-1990), obou pod hlavičkou Socialistického svazu mládeže. Kolem nich se soustředili ti, kteří se podíleli na prosazování kritických témat, uvolňování prostoru pro tvorbu a další pak i na studentském odporu proti režimu v listopadu 1989 (Tomáš Kepka, Bedřich Ludvík, Štefan Uhrík, Hana Cielová, Petr Nikolaev, Petr Slavík, Tereza Brdečková, Milan Šteindler, Pavel Koutecký, Milan Cieslar, Martin Mejstřík, Andrea Sedláčková, Petr Jarchovský, Josef Brož, Jan Hřebejk, Igor Chaun, Václav Marhoul aj.). Otevřenou kritickou atmosféru měly i diskusní projekce studentských cvičení pod názvem Kinoataky a výroční soutěžní přehlídky tvorby studentů pod hlavičkou Studentské umělecké a odborné činnosti (SUOČ).

Řada tzv. televizních cvičení od roku 1973 vznikala v elektronické podobě. V půli 80. let se v suterénu domu v Klimentské začal budovat moderní ateliér a celé první patro bylo rekonstruováno pro výukové a technologické prostory.

V lednu 1989 se rektor Ilja Bojanovský postavil za studenty v jejich protestech proti zásahům policie během tzv. Palachova týdne. Po 17. listopadu podpořil stávkující studenty mj. i tím, že jim otevřel školu a po 25.11. společně s děkanem Václavem Sklenářem uvolnil záznamovou a reprodukční technologii, čímž bylo umožněno rozšiřování autentických záběrů z policií potlačené demonstrace, pořizování záznamů z dalšího vývoje situace, i zahájení tzv. studentského vysílání v České televizi.

Po roce 1990 se postupně pedagogy FAMU stávají Jiří Menzel, Olga Sommerová, Zdenek Sirový, Věra Chytilová, Jan Němec, Karel Vachek, Jaromil Jireš, Dušan Klein, Pavel Koutecký, Jan Špáta, Břetislav Pojar, Tomáš Kepka, Jiří Kubíček, Edgar Dutka, Petr Jarchovský, Jiří Křižan, Vladimír Just, Lubor Dohnal, Jan Malíř, Jaroslav Šofr, Jaroslav Brabec, Jan Mattlach, Drahomíra Vihanová, Vladimír Birgus, Pavel Dias, Jindřich Štreit aj.

Po krátkém období studentokracie, charakterizovaném mj. odporem k záměru sloučit katedru dokumentární tvorby a katedru režie a k slabému vedení katedry režie, které skončilo vynuceným odchodem Jiřího Menzela, se škola z iniciativy a za silné pomoci akademického senátu opět stabilizovala. Vznikla katedra animované tvorby (1991) a při ní později i specializace na multimediální tvorbu a počítačovou animaci. Za vedení Rudolfa Krejčíka vzniká dvousemestrální program výuky v angličtině pro zahraniční zájemce ( FAMU for Foreigners - 3F, 1991), který organizuje i letní workshopy pro studenty amerických univerzit (University of Miami, Emerson College Boston, NYU - Tisch School of the Arts) a semestrální výuku pro studenty American University Washington, DC. Miroslav Vojtěchovský buduje na katedře fotografie studijní program v angličtině. Studenti i pedagogové se zapojují do mezinárodních výměn v rámci programu ERASMUS, na školu přicházejí s pohostinskými přednáškami či workshopy odborníci ze zahraničí (Zbygniew Rybcziński, Othar Ioseliani, Richard Leacock, Vittorio Storaro), stejně jako absolventi FAMU (Vojtěch Jasný, Frank Beyer, Agnieszka Hollandová či Miloš Forman, jemuž byl na podnět FAMU udělen čestný doktorát AMU v roce 1998).

Bylo zavedeno oddělené bakalářské a magisterské studium (1996), akreditováno i studium doktorské (1999) a připraven přechod na systém kreditních bodů.

Z přehlídky SUOČ vzniká Festival FAMU, navazující trvalejší spolupráci zejména s divadlem Archa a místo RIFE CILECT, na jehož pořádání není možné v transformující se ekonomice nalézt finance, vzniká v rámci MFF Karlovy Vary školou každoročně organizovaná sekce soutěžní přehlídky filmových škol.

Byl dokončen přechod Studia FAMU na digitální technologii (DigiBeta) na základě projektu, připraveného O. Řehákem (1995). V téže době je moderně vybaven velký ateliér v suterénu. V polovině 90. let je také škola vybavena prvními zařízeními pro digitální střih (Avid, Lightworks) a poměr mezi tvorbou na klasický filmový materiál a na elektronická záznamová média se začíná vyrovnávat. Buduje se počítačový systém a kabelové připojení. Za složité právní situace je rekonstruována kavárna Slavia a obnoven její provoz (1997). Společně s dalšími fakultami AMU začíná být (zejména katedrami fotografie a animované tvorby) využíván prostor bývalé školy, získaný do nájmu od města Berouna. Projektově a finančně se připravuje rekonstrukce paláce Lažanských, která nakonec přinese modernější vybavení knihovny, studovny a projekce, i nové prostory, získané rekonstrukcí půdy. Po dokončení této rekonstrukce (2002), během níž FAMU funguje v provizorních prostorech v Revoluční třídě č. 19, byly (zejména po povodních v srpnu 2002) nově rekonstruovány i prostory Studia FAMU.

Stavebně i technologicky modernizovaná škola, která ztrácí své monopolní postavení ve filmové a audiovizuální výchově díky vzniku dalších pracovišť vysokoškolských, akademických a univerzitních (VŠUP, AVU, Univerzita T. Bati ve Zlíně, Filmová akademie Miroslava Ondříčka v Písku), dostává nový impuls po nástupu Michala Breganta do funkce děkana na jaře 2002. Za pomoci týmu jeho spolupracovníků dochází k razantní generační obměně pedagogů i vedoucích kateder a k proměně některých forem výuky, vedoucích zejména během prvního ročníku k silnější integraci studentů jednotlivých oborů. Na většině kateder je posílen princip organizace v dílnách pedagogů, které si studenti mohou svobodněji volit. Svobodnější volbu předmětů usnadňuje i zavedení systému kreditních bodů. Lépe je uspořádán princip výukového týdne, včetně zavedení modulové výuky, umožňující častější hostování zahraničních pedagogů (Brendan Ward, Jean-Claude Carriére, Godfrey Reggio, Sergiu Nicolaescu, Peter Wintonick, Peter Hames, Linda Aronson, Nobuhiro Aihara, Guy Gauthier, Vojtěch Jasný, Ivan Passer, Denys Arcand, Frank Pierson, Michael Hausman, Karen Irvine, Francois Jost, Garry Hill, Woody Vasulka, Mariko Tanabe, Richard Leacock , Sylvette Baudrotová, Marcus Berger, Andrew Labarthe, J. Dudley Andrew aj., řada z nich v rámci grantového projektu FAMU Open Eye), přednášky jinak vytížených odborníků a aktuální zařazování nových témat, zejména z oblasti vývoje digitálních technologií a softwarů.

Sloučením kabinetů společenských věd a historie a teorie fotografie vzniklo v roce 2002 Centrum audiovizuálních studií (CAS), které s novým vedoucím Vítem Janečkem integrovalo většinu teoretických předmětů na FAMU, s pomocí grantů připravilo program FAMU Open Eye, vybavilo pracoviště doktorandů, rozšířilo fondy knihovny o odborné publikace i DVD, potřebné k výuce a k výzkumné činnosti, zřídilo v UVS Beroun ve spolupráci s VŠUP a s ČVUT Intermediální laboratoř pro výuku předmětu Intermediální tvorba a technologie, ve spolupráci s NFA zřídilo pracoviště pro výuku restaurování filmových, fotografických a elektronických nosičů, akreditovalo bakalářskou i magisterskou výuku oboru audiovizuální studia a integrovalo do ní činnost bývalého kabinetu multimediální tvorby.

Všechny aktivity spojené se zahraničními studenty byly integrovány do FAMU International. Za vedení Pavla Jecha se zde konstituovaly dva programy: Academic Programm a prakticky orientovaný semestr Special Productions. Počet zahraničních studentů se rozšířil a vzrostla i kvalita jejich prací. Byly uzavřeny nové smlouvy o spolupráci s Yale University a University of Texas v Austinu.

Během tohoto období také značně vzrostl počet výměn studentů v rámci programů Socrates-Erasmus a Free Movers na základě řady bilaterálních smluv se zahraničními školami z celého světa.

Roku 2004 se studenti produkce pokusili navázat na tradici RIFE CILECT založením samostatného festivalu studentských filmů FRESH FILM FEST v Karlových Varech.

Vzhledem k nedostatečným možnostem financování studentských cvičení byl v roce 2003 ustaven systém vnitřního grantu FAMU, v němž se všichni studenti fakulty mohou ucházet o prostředky na dofinancování náročnějších filmových cvičení. Cvičení jsou i nadále každoročně veřejnosti představována na soutěžním FAMU FESTu.