十三行博物館包括建築物及廣場共約四公頃，室內面積約六千多平方公尺，主要為「重返十三行」常設展。觀眾從站在館外，觀賞本館建築時就已經進入「重返十三行」的展示情境中了。分別象徵山與海的建築群、及特意設計成傾斜不正的八角塔，以高聳大片尖銳角度的清水模牆面呈現，隱喻考古現場無法還原的情境，營造出搶救十三行遺址當時的情境。展場內以劇場形式，讓觀眾走進十三行、體驗十三行。當然，最重要的是展出十三行遺址出土各項重要文物，包含作為本館視覺標示系統，台灣獨一無二的「人面陶罐」。另外，館內亦設有特展廳及提供學童動手作，活潑有趣的考古學習體驗室。

博物館的營運方針採行整合八里左岸資源套裝遊程的規劃構想，提出「水岸‧社區‧博物館」社區總體營造計劃，以十三行博物館為核心，串聯區域內豐富多樣的遺址古蹟、自然保留區、水岸景觀、歷史民俗、產業文化及公共設施等為重要資源，並以十三行文化意象為核心主軸貫穿全區，達到「生活」、「生產」、「生態」、「生存」四生環境共生，及凝聚社區意識的發展目標。期待能帶動八里地區美麗的春天。