Im Jahre 1331 erfolgt die Verleihung des Marktrechts durch Kaiser Ludwig den Bayern. 1374 wird das erste Siegel des Tölzer Marktes, das Sigillum Civium In Tollentze verliehen, das heutige Stadtwappen. Durch den Salzhandel Richtung Allgäu und Reichenhall, gelangt Tölz zu Wohlstand. „Der große Brand“ vernichtet 1453 die Marktstraße, Stadtpfarrkirche, Burg und Teile des Grieses. Nach dieser Feuersbrunst wird mit großer Hilfe von Herzog Albrecht III., bekannt durch seine Liebe zu Agnes Bernauer, die Marktstraße in Stein neu errichtet und 1460 entsteht eine neue Burg. Nach dem Brand leiten Kaspar I. Winzerer, sowie später dessen Sohn Kaspar II. Winzerer und Enkel Kaspar III. Winzerer als Pfleger, Ritter und Lehnsherr die Geschicke von Tölz und machen sich verdient und sind bei der Bevölkerung beliebt. Noch 40 Jahre vor dem Erlass des berühmten bayerischen Reinheitsgebotes beginnt im Jahre 1476 in Tölz die Biersiederei. Während des Dreißigjährigen Krieges wird die Stadt 1632 von schwedischen Truppen verwüstet, die Blütezeit des der für ihre Kunstschreiner bekannten Handwerker- und Flößerstadt (Tölzer Kästen) wurde dadurch beendet. Nach Ende des Dreißigjährigen Krieges ist der der Markt Tölz, vor allem durch die Pest, fast völlig entvölkert.
Mitte des 17. Jahrhunderts gibt es in Tölz bereits 22 Brauereien, mit Absatz ins Werdenfelser Land und Tirol. Hauptabnehmer wird die Stadt München (8.730 Eimer Bier im Jahr 1782). Während des Spanischen Erbfolgekrieges, in dem die Österreicher Bayern besetzen, steht Tölz im Mittelpunkt des Aufstandes der Oberländer Bauern. In der Sendlinger Mordweihnacht findet diese Erhebung 1705 ihr tragisches Ende. 1742 fallen unter Oberst Trenk Truppen der Panduren und Tollpatschen in Folge des Österreichischen Erbfolgekrieges in Tölz ein, werden aber von Isarwinkler Bauern vertrieben. Ab 1750 kommt es zu einer erneuten Blütezeit der Flößerei und des Holzhandwerkes. Dabei gelangen Holz, Kalk und Möbel aus dem Isarwinkel auf der Isar (und Donau) bis nach München, Wien und Budapest. In Folge eines Unwetters stürzen 1770 weite Teile des Schlosses an der oberen Marktstraße ein. Das Schloss war ein Ausbau der letzten Burg. Es wird jedoch nicht wieder aufgebaut, sondern deren Steine werden auf der Isar nach München transportiert und dort in der Residenz verbaut. Das Schloss befand sich an der Stelle des heutigen Schlossplatzes und dem neuen Rathaus. 1861 entsteht auf dem Griesfeld das schlossartige Städtische Krankenhaus (erweitert 1889), das das damalige Krankenhaus am Krottenbach von 1822 ablöst. Es bleibt das Städtische Krankenhaus, bis es 1990 von einem großen, modernen Bau im Badeteil abgelöst wird (heutige Asklepios Stadtklinik). Bahnhof Bad Tölz 1874 wird die Eisenbahnlinie Holzkirchen–Tölz als Vicinalbahn eröffnet. Das erste Bahnhofsgebäude, komplett aus rotem Backstein, entsteht im selben Jahr. Nach dem Weiterbau der Strecke nach Lenggries 1924 wird zeitgleich ein neuer, größerer Bahnhof im Südosten der Stadt errichtet. Architekt war der Münchener Georg Buchner. Die alten Bahnanlagen wurden daraufhin aufgegeben. An ihrer Stelle befindet sich heute die Fach- und Berufsoberschule und im weiteren Verlauf die Eisenburger Straße. Im Jahre 1846 entdeckt der Jaudbauer am Blomberg am Sauersberg Deutschlands stärkste Jodquellen. Bald darauf bestätigt Dr. Sendtner diese Entdeckung. Ein Aufschwung des westlich der Isar gelegenen Ortsteils Krankenheil durch den aufkommenden Badebetrieb setzt ein. Diese Entwicklung führt zur Verleihung des Titels Bad an den Ort Tölz am 20. Juni 1899. Der Münchner Architekturprofessor Gabriel von Seidl belebt ab 1903 das Stadtbild von Tölz durch neue Bauten. Durch ihn entstehen neue Gebäude, Fassadenmalereien und große Umgestaltungen, die das Bild der Stadt bis heute prägen. Ab 1. Juni 1905 nimmt die erste Kraftpostlinie Deutschlands ihren ständigen Betrieb zwischen Bad Tölz und Lenggries auf. Eine weitere positive Entwicklung erlaubt es Prinzregent Luitpold, am 14. Oktober 1906 dem Markt Bad Tölz das Stadtrecht zu verleihen. Im selben Jahr wurde Franz Edler von Koch Direktor der „Krankenheiler Jodquellen A.G.“ Nach dem Bau des Walchenseekraftwerkes 1924 führt die Isar nun kaum noch genug Wasser zur Flößerei. Durch den Bau des Sylvensteinspeichers in den Jahren von 1954 bis 1959 wird der Fluss weiter gezähmt. 1928 wird der EC Bad Tölz gegründet, der sich später zu einem der traditions- und erfolgreichsten bayerischen Eishockeyvereine entwickelt und der Grundstein gelegt, Tölz den Ruf einer Eishockeystadt zu geben. 1934 entsteht das Natureisstadion, das 1952 zum Kunsteisstadion umgebaut wird.
Im Deutschen Reich nimmt 1934 die erste der SS-Junkerschulen in Bad Tölz den Lehrgangsbetrieb auf. Mitte 1940 wird in Bad Tölz ein Außenlager des KZ Dachau errichtet. 1940/41 wird in Bad Tölz und Umgebung aus Einheimischen die 97. Jägerdivision Spielhahnjäger aufgestellt. Von hier aus wurde diese im Russlandfeldzug, in Polen, der Ukraine und im Kaukasus eingesetzt. Bei Kriegsende 1945 wurde die Spielhahnjägerdivision in der Tschechoslowakei aufgelöst. Gegen Ende des Zweiten Weltkrieges steht Tölz unmittelbar vor einer Bombardierung durch die Alliierten, vor allem aufgrund der im Ort ansässigen SS-Junkerschule. Doch aufgrund der dichten Wolkendecke und des starken Schneefalls müssen die alliierten Bomber drei Kilometer vor dem Ort wieder abdrehen. Dieses Ereignis, das manche Einheimische als „Wunder von Tölz“ bezeichnen, führte dazu, dass der riesige Reichsadler, der ein Hakenkreuz in den Krallen hält, der an der Isarbrücke stand, nach dem Krieg eingeschmolzen und zum Dank in eine Marienstatue gegossen wurde, die heute den Brunnen in der unteren Marktstraße ziert.
Am 27. März 1945 wird in Bad Tölz noch die 38. SS-Grenadier-Division „Nibelungen“ aufgestellt, überwiegend aus Angehörigen der Junkerschule und der Hitlerjugend. Bis in die letzten Kriegstage liefert sich in Bad Tölz und Umgebung die SS-Division „Götz von Berlichingen“ Gefechte mit den anrückenden US-amerikanischen Streitkräften. Dabei werden die Isarbrücke und Teile der unteren Marktstraße stark beschädigt.
Nach Kriegsende wird die SS-Junkerschule von den US-amerikanischen Streitkräften übernommen. Der US-General George S. Patton übernimmt nach dem Krieg das Amt des Militärgouverneurs von Bayern und regiert vorübergehend von Bad Tölz aus. Zum Gedenken an einen gefallenen Freund tauft er die Junkerschule in Flint-Kaserne um. Bis zum Abzug 1991 war die Flint-Kaserne neben einer Ingenieursschule auch europäischer Stützpunkt der Special Forces, vulgo Green Berets. Über dem Haupteingang prangte der Schriftzug „Cleanest American Camp In Europe“. Die Kaserne existiert heute nicht mehr. Es sind nur noch einige Grundzüge der Architektur erkennbar, da die Stadt ab Ende der 1990er mit einer großangelegten Umgestaltung begann. Dort finden sich heute unter dem Namen Flint-Center diverse Ämter, Geschäfte und Gaststätten, das Polizeirevier und die architektonisch reizvolle „Schnecke“ (deren Baukosten vom Bund der Steuerzahler moniert wurden). Im Jahr 1956 wird der Tölzer Knabenchor in der Stadt gegründet. 1969 folgt, zusätzlich zum Jodbad, die Anerkennung von Bad Tölz als Heilklimatischer Kurort und 2006 die Anerkennung als Moorheilbad. Mit dem Alpamare eröffnet 1972 in Tölz Europas erstes Erlebnisbad. Mit einer weitläufigen Rutschenlandschaft, dem Brandungswellenbad, der Indoor-Surfanlage und dem Jodbecken ist das Alpamare überregional bekannt.
Die 1996 bis 2009 gesendete Fernsehserie Der Bulle von Tölz hat die Stadt vor allem außerhalb Bayerns sehr populär und beliebt gemacht. 2005 wird das neue Eisstadion, die moderne Hacker-Pschorr-Arena (mit zwei Eisflächen) eröffnet. Dieses löst das alte Peter-Freisl-Stadion, den sogenannten Wellblechpalast, ab und dient auch als Austragungsort von Veranstaltungen wie Konzerten und Messen.

source: http://de.wikipedia.org/wiki/Bad_Toelz