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El monasterio se halla en la cúspide de un cerro, a cuyos pies, al este, se despliega la localidad de Uclés. El monasterio forma parte de un gran conjunto de edificaciones construidas durante diferentes periodos históricos, iniciándose durante la dominación musulmana, alcanzando su plenitud como fortificación durante su posesión por parte de la Orden de Santiago, de la que eran su casa más importante, y adquiriendo su aspecto actual una vez terminada la Reconquista.
El cerro sobre el que se asienta el monasterio, acogió ya en la antigüedad un castro celtíbero. Fueron sin embargo los musulmanes quienes construyeron una fortaleza con imponentes parapetos defensivos, algunos de los cuales se pueden observar aún hoy en día. Tras ser definitivamente conquistado por los cristianos, el rey Alfonso VIII cedió en 1174 el castillo a la Orden de Santiago, convirtiéndose en su casa matriz. Con el paso del tiempo, se fue constituyendo un intrincado conjunto de dependencias, en las que residían los miembros de la orden, que se unieron a la fortaleza y a la iglesia construida tras la conquista cristiana.
Tras el fin de la Reconquista, el conjunto de edificios sufrió una remodelación radical, que acabó con gran parte de los elementos defensivos del castillo y le dio el aspecto actual. No así con las murallas, que aún se conservan: una primera muralla protegía la antigua huerta, regada con las aguas del río Bedija; una segunda, actualmente en muy mal estado, deja aún entrever su disposición en forma de dientes de sierra.
La construcción del monasterio se inició el 7 de mayo de 1529, durante el reinado de Carlos I (la corona había adquirido en el siglo XV el maestrazgo de la orden), comenzando por el ala este, que es de estilo plateresco. Las trazas originales son de Enrique Egas. En el último cuarto del siglo XVI comenzó la construcción de la iglesia, de estilo herreriano. Avanzado el siglo XVII continuaron las obras del patio y de la escalera principal, al tiempo que se concluían las alas oeste y sur. La obra finalizó en 1735, bajo el reinado de Felipe V, elevándose un cuerpo la nave oriental y terminándose la portada principal, que es de estilo churrigueresco.
Para su construcción se utilizó piedra del cerro "Cabeza del Griego" (Segóbriga), sobre todo en la fachada oriental.
En 1836, con la desamortización de Mendizábal, la Orden de Santiago tuvo que abandonar el edificio. A principios del siglo XX se destinó el monasterio a colegio de segunda enseñanza, y más tarde a noviciado y colegio de agustinos, hasta que en 1936 fue saqueado y destrozado interiormente, instalándose luego en él un hospital provisional. Terminada la Guerra Civil, se dedicó a cárcel para presos políticos entre los años 1939 y 1943, en cuyo periodo murieron más de mil presos, fusilados o a causa de diversas enfermedades y fueron enterrados en una zona externa al monasterio, conocida como «La Tahona». Cerrada la prisión, fue restaurado y recibió en octubre de 1949 el seminario menor del obispado de Cuenca, con el nombre de Seminario Menor "Santiago Apóstol".
El monasterio fue declarado Monumento Nacional el 3 de junio de 1931. Bajo la protección de la Declaración genérica del Decreto de 22 de abril de 1949, y la Ley 16/1985 sobre el Patrimonio Histórico Español. En 2003 se amplió la protección a su entorno.