Passados 120 anos de sua existência, Natividade da Serra, sofreu uma enorme transformação e foi translada para um novo local, à aproximadamente um quilômetro adiante na rodovia que liga a cidade à Taubaté. Esta mudança foi em consequência do represamento do rio Paraibuna, rio Lourenço Velho, rio do Peixe e rio Paraitinga, para a construção da Usina Hidrelétrica de Paraibuna formando a represa da Companhia Energética de São Paulo (CESP) devido uma necessidade de atendimento sócio-econômico regional.

O estado procedeu com à construção da Represa de Paraibuna, inundando quase 200% da área e das edificações da sede e parte da área rural. Na zona rural, o represamento das águas afetou as terras férteis, eliminando grande parte da agricultura de subsistência.

Com construção da barragem de Paraibuna, ocorreu a inundação da cidade antiga, surgindo a nova Natividade da Serra fundada 13 de agosto de 1973 com o lançamento da pedra fundamental feita pelo então prefeito Otacílio Fernandes da Silva, Padre Higino e Terezinha de Castro Aquino, no local onde se ergue a igreja matriz da cidade.

O fenômeno da industrialização da “Calha do Vale” (Taubaté, Pindamonhangaba e Tremembé) e a inundação de algumas áreas do município, contribuíram para a emigração de parte da população. Para minimizar os prejuízos ocasionados pela inundação eliminando suas terras férteis, os produtores rurais investiram em grande escala, na plantação de eucaliptos.