A igreja adopta a feição de cruz latina (símbolo do cristianismo), sendo composta pela nave principal e pelo transepto, onde se encontram os túmulos de D. Pedro e D. Inês de Castro.

A construção iniciou-se pela cabeceira que é constituída por nove capelas radiantes de planta trapezoidal, ligadas entre si e ao transepto por um deambulatório, sendo cobertas por abóbadas de berço.

A iluminação difunde-se através da grande rosácea, dos dois vãos laterais da frontaria, pelas estreitas frestas das paredes laterais e ainda pelas rosáceas e janelões dos dois topos do transepto e pelos altos janelões da cabeceira.

O transepto norte tinha acesso directo para o Dormitório dos Monges. No topo oposto do transepto, sob uma grande rosácea e dois janelões, continua a existir a porta de acesso ao cemitério dos Monges, vulgarmente chamada "Porta dos Mortos".