Espaço rectangular construido (1507-1518) pelo mestre Jacques Boytac durante a campanha manuelina sobre a primitiva capela românica, poligonal e mais pequena. A abóbada de nervuras de cruzaria tem as pedras centrais de fecho com o emblema do rei D.Manuel (Escudo régio). Os túmulos (1518-35) de D.Afonso Henriques e D.Sancho I são atribuidos a Diogo de Castilho e Nicolau Chanterrene. O cadeiral foi retirado em 1531 quando da conclusão do côro alto, permitindo espaço para os actuais túmulos. O altar-mor com o trono do Santíssimo é do séc. XVIII. Os frisos de azulejo azul e branco do séc. XVIII, relatam episódios da vida do primeiro prior do mosteiro, S.Teotónio.