O claustro manuelino que vemos actualmente ocupa a posição do primeiro claustro romanico de 1228. Embora tenha sido desenhado por Boytac durante a campanha de obras de 1507-18, ele foi executado e terminado em 1520 pelo mestre Marcos Pires. É um claustro de planta quadrada composto por 5 tramos de arcarias apoiadas em contrafortes do lado exterior e misulas encastradas nas paredes interiores, donde arrancam as nervuras. Uma caracteristica importante deste claustro :nos seus quatro cantos as abóbadas são de cruzeria estrelada com arcos combados (curvos).