Estêvão Domingues cobriu a nave central com uma abóbada de berço quebrado, sustentada por arcos torais de grande porte, desistindo, ao que parece, de a cobrir com cruzaria de ogivas. Entretanto, nas naves colaterais optou claramente por este sistema, apesar de grandes imperfeições técnicas a que não serão estranhas dificuldades de implantação do templo, que muito cedo se afundaria nos campos alagados às margens do Mondego. Apesar dessas dificuldades, o objectivo do mestre foi conseguido: o de construir um templo vertical (ainda que hoje o afundamento e o piso intermédio construído nos dificultem perceber as proporções esguias do conjunto), bem iluminado por frestas laterais de grande altura.

Foi invulgar, à época, a construção de três naves de altura idêntica, abobadadas em pedra, ao invés da cobertura de madeira, então usual pelas Ordens mendicantes, assim como a ausência de transepto, o que permitiu o maior alongamento do claustro.

A iluminação das naves é feita por duas rosáceas nos extremos da nave central e por janelas duplas, de grande altura, rasgadas nas paredes laterais.