A Capela mor foi aumentada durante a gestão do Abade Gerak Fr. José de S.Domingos (1752-55)

A actual Igreja, construída no local da antiga igreja românica, foi erigida entre 1628 e 1661 seguindo ainda a conceção maneirista. Apresenta planta em cruz latina, nave ampla com pesada abóbada de cantaria, três capelas laterais de cada lado e dois altares no transepto. Mas, se num primeiro momento o programa decorativo seguiu a gramática maneirista, ainda visível no retábulo da Capela de Santa Gertrudes, a pouco e pouco a linguagem barroca, nas suas diferentes propostas, o rococó e mesmo o neoclássico irão instalar-se ocupando capelas, retábulos, órgão, púlpitos, sanefas, caixilhos, portas e janelas, grades, bancos e estantes concedendo campo privilegiado de expressão à talha dourada mas não esquecendo e, muito pelo contrário, articulando-a magnificamente com a escultura, onde sobressai o trabalho notável de Frei Cipriano da Cruz, o mobiliário, a ourivesaria e os têxteis.

O recheio composto principalmente por uma riquissima  decoração de talha dourada, desenhada e ensamblada por Manuel Alvares, André Soares e Frei José de Santo António Vilaça.