El Museo Municipal viene desarrollando sus secciones de Arqueología y Bellas Artes y Sección Etnológica.
El Museo cuenta con una Dirección, un Departamento de Conservación y Restauración y un Servicio de Difusión.
El Museo se halla orgánica y administrativamente integrado en la Concejalía de Cultura del Excmo. Ayuntamiento de El Puerto de Santa María.