O projecto para a nova estação foi apresentado em 1897. Expropriações e a construção do Túnel Avé Maria da linha atrasaram a construção da estação, tendo existido uma estação provisória. Em 1896 é demolido o antigo Convento de S.Bento e nesse ano é inaugurada a estação provisória. O Projecto de Marques da Silva tinha se iniciado em 1888, mas só em 1897 é que é visto pelo Concelho de Obras Públicas. Em 1898 Marques da Silva apresenta as alterações pedidas para redução de custos, incluindo Telegrafos e Correios no mesmo edificio. Entre o projecto inicial, e o final este projecto sofreu cerca de 5 soluções de volumetria, de forma a incluiram o serviço de correios e telegrafos.