Existen vestigios de ocupación en la zona por el Imperio Inca, asociado al Pucará del Cerro de La Compañía. Seguramente servía al comercio y dominio que este imperio sustentaba con los habitantes de más al sur.
Los indígenas del Valle del Cachapoal corresponde a los Picunches que se asocian con el Cacique Cachapoal, y se autodenominaban Cachapoales. Su asentamiento se ubicó principalmente en los alrededores de lo que hoy es la ciudad de Rancagua, a orillas del río que lleva el mismo nombre del pueblo, por un grupo de aproximadamente 400 personas.
En ese entonces el área de Graneros era un paso hacia el norte a través del Paso de Angostura, al norte de Mostazal. Y el Cerro de La Compañía fue un punto estratégico del control de ese paso, existiendo una comunicación entre los pueblos regidos por los Caciques de cada sector.
En la época de la Conquista, los Picunches de cada Cacicato se rindieron si oponer resistencia, ya que culturalmente siempre se mostraron indiferentes a otros pueblos que los dominaron. Y a la caída del Imperio Inca, pasaron años hasta que llegaron españoles a esas tierras. En esa época, los conquistadores se encuentran con espacios cultivados de maíz, o con ganado compuesto por llamas. En cuanto a la minería, existe información referente a la extracción de cobre en el sector del interior de Codegua.
Los Españoles que se avecinan, primero ocupan lo que hoy es Rancagua, refundando la aldea existente.
La Conquista
En el período de conquista española, la Hacienda es regida por la cacique Elvira de Talagante, nieta del inca Tala Canta Ilabe, ya que los españoles respetaron las tenencias pre-hispánicas, que en este caso había sido otorgada por el Inca.
A su muerte, su hijo, el único heredero varón, pertenecía a la Compañía de Jesús, sin embargo Catalina de los Ríos y Lísperguer, nieta de la cacique, se las arregló para obtener los derechos de la Hacienda, la que comprendía lo que hoy son las comunas de Codegua, Graneros, Mostazal, Machalí y parte de Rancagua. Su casona se ubicó por los alrededores de lo que hoy es Graneros, pero ya no quedan vestigios.
Luego de un juicio por la tenencia de la Hacienda, La Quintrala previendo que perdería todos sus bienes, dona la Hacienda a la Compañía de Jesús en 1628, a cambio de mantener para si la Hacienda de Talagante.
La Compañía de Jesús traslada las instalaciones de la hacienda, a un lugar donde confluían los caminos hacia Santiago y Rancagua, asegurando de esta forma el transporte de sus productos.

 

Fundaron en el lugar varios graneros de acopio, casas de la administración y alojamiento, un matadero, talleres de curtiembre y orfebrería en cobre, una escuela y un molino de trigo. La construcción que aun permanece, es la Iglesia de la Inmaculada Concepción, edificada alrededor de 1650, que conservó su estructura simple y un retablo barroco, único en todo Chile, hasta el terremoto en Chile de 2010, en que se derrumbó.

Iglesia de la Compañía.
En 1767, los Jesuitas son expulsados de todos los reinos de la Corona española, lo que genera la salida de ellos desde la Hacienda. Ésta pasa a manos de la Corona y se procede a su remate, adjudicándosela el Conde de la Conquista, Mateo de Toro y Zambrano, en 1771. La Hacienda continua su producción agrícola, tal como la dejaron los misioneros, y surte a todo el Reino de Chile.
Don Mateo de Toro y Zambrano, ya de cierta edad, pasa el verano en la Hacienda, y el invierno en la Casa Colorada. A la muerte del Conde, su hijo José Gregorio, que vuelve de España luego de realizar sus estudios de Leyes, hereda las propiedades junto a su esposa, Josefa Dumont de Holdre. El matrimonio tiene tres hijos, Manuel María (fallecido heroicamente en la batalla de Maipú), José y María Nicolasa.
El padre muere joven, dejando a la condesa Josefa a cargo de una Hacienda en medio de una Guerra de Independencia que le es totalmente contraria. Ella, una realista beligerante y antagonista a la visión independista de gran parte de los Toro-Zambrano, envía a sus hijos de quince años a "defender los intereses de la Corona". Los muchachos mueren en batalla, quedando ella viuda y sin heredero varón.
Al perder España la guerra, Bernardo O'Higgins elimina todas las encomiendas y títulos, quedando entonces sin su Casa Colorada ni su Hacienda. Por esto, acude a hablar con el Dictador Supremo, y ofrece la mano de su hija María Nicolasa de Toro-Zambrano y Dumont de Holdre, a cambio de conservar la Hacienda. Entregando la Casa Colorada al futuro marido designado por O'Higgins mismo.
Bernardo O'Higgins elige a Ramón Freire, ya que no se podía comenzar un nuevo país sin tener un sustento asegurado, como era el proporcionado por la Hacienda. Pero Nicolasa de Toro-Zambrano se enamora del administrador de la Hacienda, Juan de Dios Correa de Saa y Martínez, con quien se casa a complacencia de la madre, quien logra mantener para la familia la Hacienda, y deja a su hija casada con un patriota.
Nicolasa de Toro-Zambrano y Dumont de Holdre, casada con Juan de Dios Correa de Saa y Martínez, quien fuera Presidente del Senado de la República en 1861, toma un real protagonismo en los quehaceres de la Hacienda, y logra que el trazado del tren al sur, tenga una estación en el cruce con el camino que une los dos caminos reales. De esta forma, la Hacienda surte de sus productos a través del ferrocarril, y se genera un poblado alrededor de la estación y graneros de acopio, que se convertiría en la actual ciudad de Graneros.