В цветущее состояние монастырь был приведен трудами братии под руководством св. игум. Филиппа (Колычева), будущего митрополита-мученика. При нем на Соловецком о-ве были прорыты каналы, соединяющие многочисленные пресноводные озера, возведены величественные монастырские строения, и в их числе - Спасо-Преображенский собор. В конце XVI в. при царе Феодоре Иоанновиче были построены неприступные стены и башни обители, не раз отражавшие неприятеля. В последний раз монастырь защищался от английской эскадры, появившейся на Белом море в 1854 г. Во время обстрела вражеские снаряды нанесли значительный ущерб строениям обители, но никто из ее защитников не пострадал. Неприятелю пришлось отступить.

На рубеже XIX-XX вв. Соловецкий монастырь был признанным местом паломничества, собиравшим богомольцев со всей России. Монастырское хозяйство того времени было образцовым. Монахи занимались рыбной ловлей, резьбой по кости и дереву, садоводством. В монастыре действовала иконописная мастерская. На острове существовали электростанция (одна из первых в России) и биологическая станция. В монастырской ризнице сохранялись вклады российских государей и других именитых жертвователей.

В 1920 г. обитель была закрыта, а в 1923 г. в ее стенах начал действовать Соловецкий лагерь особого назначения (СЛОН). В 1923 - 1939 гг. Соловки стали русской Голгофой - местом страданий и мученической кончины сонма исповедников Православия. В конце 1980-х гг. возникло движение за возрождение духовной жизни на Соловках. Тогда же появился первый православный приход и вскоре началось восстановление монастырской жизни. В 1992 г. на Соловки возвратились мощи святых основателей обители.