本殿在現址開基建廟前，奉祀孚佑帝君呂仙祖於三秀山下的「北港鸞堂」。清朝光緒27年（西元1901年、民前11年），水返腳（今汐止區）北港地區徐介卿、廖新田，蘇四川等居民，聽說木柵仙公廟（今指南宮）香火鼎盛，奉祀的孚佑帝君十分靈驗，於是，共議前往祈求仙公祖恩准分火回鄉，供奉於蘇火旺茶館內（今烘內派出所附近），名為「北港鸞堂」。在仙公祖慈悲濟世神蹟感召下，信徒日眾，成為水返腳及北港地區居民的信仰中心之一。

五年後，有一天在堂內扶乩時，童乩突然跳上神桌，奮力捶打桌面至穿鑿成洞，隨說：「神昆由 柳星君降乩，指點在三秀山建廟，以廣被恩澤、福佑蒼生」。信徒蘇慶月、蘇文真及蘇四川等乃虔誠捐獻土地，經於光緒三十二年歲次丙午二月初四午時三刻，恭請孚佑帝君飛鸞降筆擇地破土開工建廟。

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